Avtonomna organizacija je vrsta organizacije ali institucije, ki deluje neodvisno in se upravlja brez zunanjih vplivov ali nadzora. Takšne organizacije imajo pogosto lastne pravne okvire, strukture za odločanje in procese, ki omogočajo, da delujejo samostojno. Avtonomnost omogoča večjo fleksibilnost in prilagodljivost pri odgovarjanju na izzive in priložnosti, ki se pojavljajo v njihovem okolju.