Biološki monitoring je proces spremljanja in ocenjevanja stanja biotopov, ekosistemov ali posameznih vrst organizmov. Običajno se izvaja za analizo vplivov okoljskih sprememb, onesnaževalcev ali drugih dejavnikov na biodiverziteto in zdravje okolja. Metode biološkega monitoringa vključujejo zbiranje podatkov o vrstah, njihovem številu in razširjenosti ter analizo njihovih habitatov.